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文章背景简介
BACKGROUND INTRODUCTION
p53是最重要的肿瘤抑制基因之一，在人类癌症中经常突变。通常，p53作为转录因子发挥作用，其被各种遗传毒性和细胞应激信号（如DNA损伤、缺氧、癌基因激活和营养缺乏）稳定和激活，从而导致细胞周期停滞、凋亡、衰老和代谢适应。大多数癌症中，都发现p53出现了功能缺陷或者突变，造成其活性降低甚至丧失、从而引发癌症。目前，p53仍然是癌症治疗的一个有吸引力的靶标，研究已经开发了许多靶向p53的抗癌策略，包括恢复p53功能的基因治疗、抑制p53－MDM2相互作用、将突变型p53恢复为野生型p53、靶向p53家族蛋白、消除突变型p53以及基于p53的疫苗等等。这些p53靶向疗法中的一些已经进入临床试验，有的则已经上市。其中，2003年，深圳市赛百诺基因技术有限公司研发的p53腺病毒注射液“今又生（Gendicine）”被我国食品药品监督管理局批准为一类新药上市，这也是世界首个获准上市的基因治疗药物，但上市后始终存在很大争议。
肿瘤上皮蛋白丢失（Epithelial protein lost in neoplasm，EPLIN）又名LIM结构域和肌动蛋白结合蛋白1（LIM domain and actin binding 1，LIMA1），它是一种肌动蛋白相关分子，与乳腺癌、前列腺癌、食道癌、肺癌等各种癌症的发展和进展有关。顾名思义，随着癌症的进展，EPLIN的表达经常会丢失。EPLIN在肌动蛋白动力学的调节中具有重要作用，并且在上皮细胞连接处具有多种关联。因此，癌症中EPLIN的缺失可能对癌细胞的迁移和侵袭有显著的影响，会增加转移的可能性。EPLIN的过表达已被证明是抗癌的有效方法，可以降低癌细胞生长和细胞运动性，使细胞侵入性降低，具有治疗潜力。
2017年，日本札幌医科大学Ohashi T等人，在《Cancer Lett》杂志（IF2017＝7．36，医学1区）发表了题为“p53 mediates the suppression of cancer cell invasion by inducing LIMA1／EPLIN”的文章。本研究利用cDNA芯片将 LIMA1（即EPLIN）鉴定为p53家族的靶点，并且证明了p53诱导的LIMA1抑制细胞侵袭，而p53突变引起的LIMA1下调会导致癌症患者的生存率降低。
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所用到的主要方法
METHODS
1． 染色质免疫共沉淀（ChIP）
染色质免疫共沉淀技术的原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。
这项技术通过蛋白质与DNA互作来分析目标基因活性以及已知蛋白质的靶基因，被广泛应用于体内转录调控因子与靶基因启动子上特异核苷酸序列结合方面的研究。该技术常与DNA芯片和分子克隆技术相结合。
2． 蛋白质印迹分析
3． Reverse transcription （RT）－PCR
4． Luciferase reporter assay（荧光素酶基因报告分析）
是指以荧光素（luciferin）为底物来检测萤火虫荧光素酶（firefly luciferase）活性的一种报告系统。荧光素和荧光素酶这一生物发光体系，可以极其灵敏、高效地检测基因的表达。荧光素酶可以催化luciferin氧化成oxyluciferin，在luciferin氧化的过程中，会发出生物荧光，是检测转录因子与目的基因启动子区DNA相互作用的一种检测方法。
5． RNA测序分析
6． 基因表达数据集的分析
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文章主要内容摘要
ABSTRACT
肿瘤抑制基因p53在人类癌症中经常发生突变。p53通过调节转录调控来执行多种凋亡功能，如诱导细胞凋亡和细胞周期阻滞。本研究利用cDNA芯片将LIM结构域和肌动蛋白结合蛋白1（LIMA1）鉴定为p53家族的靶点。我们还通过染色质免疫沉淀测序（ChIP－seq）评估了p53蛋白的全基因组占用情况，并在LIMA1基因中鉴定了两个p53应答元件。用p53激动剂nutlin－3a治疗，可以提高LIMA1蛋白水平。此外，与正常组织相比，癌症组织中LIMA1的表达显著下调。敲除LIMA1显著增强了癌细胞的侵袭，并部分抑制了p53诱导的细胞侵袭抑制。此外，LIMA1在癌症患者中的低表达与生存率降低和预后交叉，都密切相关。因此，p53诱导的LIMA1会抑制细胞侵袭，而p53突变引起的LIMA1下调则会导致癌症患者的生存率降低。综上所述，本研究揭示了LIMA1在多种癌症中下调的分子机制，提示LIMA1可能是一种新的癌症预后预测因子和治疗靶点。
