在日本，通过采用iPS细胞的再生医疗来治疗神经系统、眼睛和心脏等损伤与疾病的临床研究相继得到批准。其中，庆应大学的脊髄损伤治疗是移植细胞数量多，再生传递神经信号的部位及包裹该部位细胞的正式研究。由于追求全新的治疗方法，在伦理和技术上遇到诸多课题。通过庆应大学不断摸索的历史，可以看出再生医疗的门槛很高。
庆应大学教授冈野荣之回顾称，“到现在为止已经过去约20年，终于站在了治疗的起跑线上”。冈野在1990年代后半期受到美国神经再生研究等的激励，想要以再生医疗治疗脊髄疾病，时间比京都大学教授山中伸弥通过小白鼠首次培育出iPS细胞的2006年要早上近10年。
冈野起初打算使用死亡胎儿的细胞。由于容易获得成长为神经的优质细胞，这种细胞在欧美早早得到重视。但是，使用死亡胎儿细胞被指出存在可能诱导人流等伦理方面的问题，在日本没有获得国家的认可。
无法使用胎儿细胞
冈野教授身后的门内是庆应大学的细胞处理中心，内部情况通过显示屏监控
除了上述细胞外，还存在另一个选项，那就是使用能从受精卵获得、可以生长为身体所有细胞的胚胎干细胞（ES细胞）。1998年美国的集团开发了胚胎干细胞，美国新创企业力争将其用于脊髄损伤治疗。
但是，胚胎干细胞的利用也面临赞成与反对两种意见。由于要破坏受精卵，罗马教皇对此表示了批评。在美国，2001年上台的共和党小布什政权因顾及反对流产的天主教支持阶层，禁止通过联邦预算新培养胚胎干细胞，还限制了应用研究。日本也在2006年的指导方针中，事实上禁止使用胚胎干细胞和胎儿细胞。
在日本，说到“存在伦理问题”时的标准是模糊不清的。美欧的研究者发出疑问，称“在基督教的制约应该比较少的日本，哪些因素决定伦理观呢？”由于根据并不明确，也难以看到取消限制的道路。
就在冈野差点要放弃临床研究时，iPS细胞出现了。iPS细胞通过皮肤和血液的细胞而培养，不用破坏受精卵，因此心理上的抵触较少。
在庆应大学的新计划中，利用京都大学为治疗而保存起来的iPS细胞来培养能成为神经基础的细胞，在庆应大学的冷冻设施冷冻保存。在需要时进行解冻，给脊髄损伤的患者注射。携手庆应大学整形外科教授中村雅也等人，通过动物试验反复确认安全性和治疗效果，为临床研究做好准备。
此时又出现新的障碍。这次是细胞品质和安全性的问题。iPS细胞有可能无限增加，因某种契机而形成癌症等肿瘤。针对这种风险，目前仍没有国际性的评估标准。
日本政府对于批准没有前例的治疗极为慎重。作为首例采用iPS细胞的再生医疗，日本理化学研究所对眼部疑难病治疗的临床研究获批时，被要求分析移植用细胞的基因组（全部遗传信息）。预计费用高达数千万日元。
即使观察庞大的分析数据也无法判断风险，而日本政府当初要求研究者做到力所能及的一切事情。从中可以隐隐看出，政府机关希望回避患者发生意外时的责任。很多研究者认为“如果基因组分析成为标准程序将非常麻烦”，这种不安正在成为现实。
此次，冈野教授等人为慎重起见，也将对移植用细胞进行基因组分析。为了防止在细胞培养的过程中混入细菌等，保持品质，庆应大学展开以上亿日元为单位的投资，新建了细胞处理中心（CPC）。
此外，还存在其他障碍。要将移植用细胞作为产品推向社会，必须与制药企业等合作，在临床试验中取得好的结果并获得批准。与以往的药品相比，iPS医疗有很多未知的部分，伴随风险，不少企业对正式投资iPS医疗持消极态度。
到目前为止，提出参与源自日本的再生医疗产品临床试验的大型企业只有大日本住友制药和泰尔茂等几家。庆应大学也将在今后决定和哪家合作。中村教授表示，“希望在10年以内普及基于iPS细胞的脊髄损伤治疗”，这绝不是低调的目标。
