医用耗材的管理方面存在流程不规范，系统功能单一，耗材、药品、财务等系统相互独立，信息不联通。医院临床科室耗材的申领、院内流转需要医护人员进行，占用了开展医疗工作的精力和时间。
随着耗材数量和种类的增多，管理上存在着安全隐患；采购过程医院议价能力偏低，耗材价格居高不下。医用低值耗材采购完全凭借经验，容易造成供求不一的现象，造成耗材浪费，甚至影响医院正常运营。医院有着大量的医用耗材供应商，在审查供应商企业资质、管理产品目录上有着比较大的工作量。医用耗材品种命名不统一，采购难度大。医疗器械的命名没有通用标准，不同企业有不同的命名原则，存在“一械多名”的情况。医院需要花费时间与供应商、临床科室反复核对。
高值耗材价格昂贵、高值耗材实际需求的不确定性、植入介入高值耗材属于高风险产品以及专业性要求高等等，高值耗材如采取粗放式管理方式容易出现质量管理漏洞，带来使用安全隐患。大多数医院的高值耗材“先用后管”的模式，一旦出现退换货现象，传统“人工登记、手动记录、纸质翻查”管理模式和“清台计数”的手工结算方式容易导致“购销存退”混乱。
医院内部耗材供应链没有全程信息化管理，而且不同供应商附码编码的规则不一样难以做到统一，或者医院采用自身附码和RFID手段但出于医院信息数据安全原因并不能与上下游供应商实现信息共享，因此医用耗材信息流到了医院之后发生断裂。
