气膜建筑的自动控制系统由控制单元、报警和监控单元、执行单元、仪表传感器单元组成，可实现对气膜各种工况下的内外压差自动调节功能。控制单元多采用可编程控制器，对大型气膜建筑推荐使用双机热备系统。变频器和风阀等执行单元应冗余配置，以满足单一部件故障时的备用，确保控制系统连续不间断运行。仪表传感器包括室内外压差传感器、温湿度传感器、室外风速传感器，用于采集气膜建筑的运行工况。监控单元使用触摸屏或电脑配以监控软件，实现控制系统的数据采集、数据记录和人机交互。根据需要，控制系统还可配置远程网络访问接口，实现远程网络监控。为随时掌控控制系统的运行工况防患于未然，控制系统宜具备本地和远程报警功能，本地报警通过声光报警器实现，远程报警采用发送短信的方式及时提醒设备故障，使维护人员能随时随地的了解控制系统工作状态和运行工况。
自动控制系统一般同时具有手动和自动两种控制方式，正常情况下系统通过压差传感器和风机、风阀等的状态，自动控制风机、风阀的运行和设备轮换，实现无人值守控制。当调试和设备检修时，可切换到手动工作方式，通过控制按钮和操作元件实现控制系统的手动补压控制。
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