近年来，大量研究证实过敏性疾病（如湿疹、儿童炎症性肠炎）、营养代谢类疾病（如肥胖、儿童糖尿病）、神经类疾病（如难治性癫痫、孤独症）等各类疾病中都存在肠道菌群的紊乱。通过肠道菌群检测方法可以（提早）：问题出现前的预防、出现问题时的诊治、衰竭后的移植方案等。
★★★肠道菌群研究方法有哪些？怎么测？
肠道菌群的组成可能包括DNA病毒、RNA病毒、细菌和真菌，对应的微生态研究是还原每个样本真实菌群结构并比较不同样本间的差异，以及菌群差异和个体表型的关联机制。微生物多样性测序（扩增子测序）是基于二代高通量测序对16S/18S/ITS等序列进行测序。可以同时检测样本中的优势物种、稀有物种及一些未知物种的检测，获得样本的微生物群落组成以及相对丰度。常见的微生态研究方法或手段包括16S rDNA扩增子、16s rRNA基因测序、18S rDNA/ITS扩增子、宏基因组、宏转录组、宏蛋白质组、宏代谢组、培养组学、肠道模拟器及类器官。下面小编给大家介绍三种比较常见的微生态研究方法：
一、16S rDNA扩增子
细菌核糖体RNA(rRNA)普遍存在于细菌中，其中16S rDNA（约1540bp），包含9个高变区，间区有较强保守性，具有较好的功能同源性。因此，16S rDNA扩增可用于细菌物种的鉴定，并进一步还原环境样本中的细菌组成和丰度。16SrDNA是细菌染色体上编码16SrRNA相对应的DNA序列， 16s rRNA是由16s rDNA转录来的 ， 一般扩增检测和分析的对象都是16s rDNA 。
二、 16s rRNA基因测序（简单来说就是常见的粪便检测哦）
16S rRNA 基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因，长度约为1542bp，其分子大小适中，突变率小，是细菌系统分类学研究中最常用和最有用的标志。16S rRNA基因序列包括9个可变区和10个保守区，保守区序列反映了物种间的亲缘关系， 而可变区序列则能体现物种间的差异。 16S rRNA基因测序以细菌16S rRNA基因测序为主,核心是研究样品中的物种分类、物种丰度系统进化、功能预测以及微生物与环境互作关系等。粪便、动物肠道内容物、皮肤、组织、痰液、血液、唾液、牙菌斑、尿液，阴道分泌物、发酵物，瘤胃，废水，火山灰，冻土层、病害组织、淤泥、土壤、堆肥、污染河流，养殖水体、空气等有微生物存在的样本都可以用于16s测序分析。
三、宏基因组
宏基因组又称源基因组，是通过提取和检测所有环境中的生物DNA，还原DNA病毒、细菌、真菌及部分宿主基因组的组成，从而更准确和全面地分析微生物多样性、种群结构和进化关系。另外，通过DNA序列拼接/功能序列对比，还原所检测的样本中微生物基因的组成，能够更加准确地预测样本中所有微生物共同构建的功能网络和互作关系，发展潜在的生物学意义。但在实际的研究过程中，样本处理方式对于细菌（革兰氏阴性及阳性菌）、病毒或真菌等的影响会有所不同，更多的试验研究倾向于细菌DNA的检测，但尚未有统一的试验标准，因此宏基因组技术对于各类微生物的检测也会存在部分偏差。目前临床上对于宏基因组技术的应用，主要为未知病原体的快读检测，筛选微生物（或靶基因）作为疾病预测、治疗、回复等过程中的生物标志物，以及从基因功能层面进行评估，通过了解各类物质的合成代谢，为疾病治疗提供微生态干预的参考。同时，宏基因组学技术还克服了传统的微生物分离培养的限制，为疾病治疗药物的发现和研究提供了更多潜在的途径。
★★★肠道菌群检测的作用（意义）这里要认真看非常重要
在生命早期，肠道菌群经历发展和成熟，并与身体发育和健康息息相关，其作用已类似于人体一个超级器官。而针对一个器官的研究主要在于3点：问题出现前的预防、出现问题时的诊治、衰竭后的移植。
首先预防：肠道菌群在生命早期发育迟缓，预示着营养不良、肥胖、哮喘、湿疹、呼吸道感染等多种儿童疾病的风险增高，通过肠道菌群检测，分析出生时及出生后1—3年内肠道菌群组成和发展规律，并记录相关健康指标，可以构建早期肠道菌群和后续不同疾病风险的相关模型，如呼吸道感染发生频率，过敏性疾病发生风险，肥胖、哮喘发生风险等，从而更有效的知道临床进行微生态干预并“治未病。”
其次为诊治：近年来，大量研究证实过敏性疾病（如湿疹、儿童炎症性肠炎）、营养代谢类疾病（如肥胖、儿童糖尿病）、神经类疾病（如难治性癫痫、孤独症）等各类疾病中都存在肠道菌群的紊乱。通过控制出生/喂养方式、抗生素暴露、饮食和生活环境等影响，分析患病和健康儿童的肠道菌群结构、微生物基因和功能上的不同，将差异的肠道菌群组分或基因作为疾病诊断指标之一，可以显著提高疾病诊断的准确率。planer等将患病和健康儿童的粪便接种于无菌动物，有效证实了肠道菌群紊乱可导致多种疾病的发生。同时可以开展微生态干预相关动物实验，评估食品、药物、益生菌等对患病儿童肠道菌群的回复效果或治疗潜力。在动物实验之后，还可进一步进行人体干预实验，如评估膳食纤维或益生菌在缓解/治疗糖尿病、肥胖中的微生态机制，从而指导筛选新的益生菌或益生元产品。针对抗生素使用后的肠道菌群紊乱，则可以通过确定紊乱模式，指导更精准的益生菌/益生元等恢复肠道菌群的临床策略。
最后：若器官衰竭到一定程度，最后的临床对策则必然是移植。器官移植，第一个要解决的问题就是配型，而针对肠道菌群这个器官而言，最好是了解其自身的衰竭程度以及“适配”肠道菌群结构，研究粪菌移植在不同适应症中的效果以及相应菌群的改变和宿主反应，并构建完善的参考数据库(肠菌银行）。后续遇到临床上需要接受粪菌移植的患者，则可将其肠道菌群检测结果与数据库对比，找出最适合的“粪菌”或人工配制的“菌液、肠菌胶囊、粪菌油滴剂”等，进一步提升移植手术的效率和标准化程度。可公众号关注“富玛特生物”在线与专家咨询。
