影响人体肠道菌群的因素包括宿主的年龄、生活环境、生理状况和饮食习惯等等，而膳食因素是影响肠道微生物的重要因素之一。由于膳食模式的不同，不同人群摄取的膳食成分也会存在差异，由此造成肠道微生物的组成、结构与功能存在较大差异。
膳食模式又称膳食结构，与人们居住、生活的地域环境密切相关。膳食模式指的是各类营养素的数量及其在膳食中所占的比例。作为维持人体肠道菌群和人体之间共生关系的重要组成部分，膳食具有重要的作用:为肠道菌群繁殖代谢提供多种所需的底物，比如益生元等，可提供肠道菌群发酵所需的底物；可以帮助调节肠道传输时间，如膳食纤维的摄取可以提高结肠转化率，增加有机酸的产量，从而降低肠道的pH值(肠道的pH值是影响肠道菌群结构的重要因素)；膳食中的蛋白质和脂肪等主要成分则可以刺激消化道黏膜、胰腺等组织，分泌相关的消化酶类等，进而间接影响肠道菌群的结构和功能;④膳食中的成分可以刺激胆汁分泌，胆汁又能发挥抗菌作用，从而对肠道菌群的组成结构起到调节作用;膳食还可以影响人体和肠道菌群的相关基因的表达，例如，调节拟杆菌属的糖代谢相关基因的表达等。总的来说，膳食的摄取能够通过多种相关方式影响人类肠道菌群的结构和功能。
不同地域的膳食模式对人体肠道菌群影响到底有多大呢?研究发现不同国家居民的肠道菌群结构差异显著。其中，俄罗斯人肠道中的拟杆菌属和普雷沃氏菌属的含量相对于其他国家居民的较低，这主要是由长期膳食模式不同导致的。此外，素食者和喜食肉者的肠道菌群结构也存在明显差异。例如，素食者的肠道菌群以产气荚膜梭菌和多枝校菌为主，长期高水平食肉者的肠道优势菌为普拉氏梭杆菌。
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